La planificación estratégica en ciencia y tecnología es una herramienta fundamental para el desarrollo de esta dimensión dentro de la UNaM. Tiene su raíz en el Plan de Desarrollo Institucional (PDI-UNaM). Se enfoca en retomar las líneas de trabajo de las versiones anteriores, atendiendo los desafíos que surgen de los resultados del proceso de evaluación institucional y los planteados por la propia comunidad científica y los diferentes claustros que componen la UNaM.

Los planes estratégicos son elaborados para períodos de 4 años a partir del trabajo en talleres de planificación y aprobados por el Consejo Superior.